Au tout début de l'ère chrétienne, les baptêmes étaient célébrés dans des rivières ou dans la mer. Après l'édit de Constantin, en 313, qui donne un statut officiel à l'Église, les bâtiments consacrés au culte devienne plus nombreux. Appelés baptistères, ces constructions extérieures sont d'abord réservées aux cathédrales car, jusqu'au VIe siècle, seuls les évêques ont le droit de baptiser. Le baptême (qui signifie "plonger") est alors administré par immersion : les catéchumènes — ceux qui se préparent au baptême — sont plongés dans une piscine réservée à cet effet et creusée à même le sol. Les baptistères sont souvent en forme de cercle, de croix, ou d'octogone.
Lorsque l'administration du baptême n'est plus réservé à l'évêque, vers le VIIIe siècle, une cuve baptismale, non enterrée, remplace alors la piscine. C'est aussi l'époque où se met en place le baptême des très jeunes enfants par infusion, c'est-à-dire en versant de l'eau sur la tête du baptisé. Il sera généralisé vers le XIIe siècle.
Au fil du temps, les baptistères distincts de l'église sont de moins en moins fréquents et le terme désigne désormais le lieu réservé à la célébration des baptêmes à l'intérieur de l'église. On y trouve une cuve baptismale, le plus souvent du côté ouest de l'entrée de l'église mais une chapelle peut être réservée exclusivement à cet usage.
Les termes "cuve baptismale" et "fonts baptismaux" sont utilisés de manière indifférenciée pour désigner le contenant de l'eau servant au baptême. Cette eau est bénite lors de la veillée pascale.
Les fonts baptismaux sont placés sur un support dont le matériaux est variable. Ils peuvent être taillé dans la pierre ou le marbre ou coulé dans bronze ou le plomb. Les formes aussi varient, reprenant un symbole spirituel : l'octogone pour rappeler la création ou le cercle qui suggère l'éternité.
La cuve baptismale est souvent rapprochée de l'autel, dans un emplacement bien en vue des fidèles et adapté à la participation d'un grand nombre comme le précisent les préliminaires des rituels du baptême. Idéalement, la cuve baptismale doit être inamovible mais c'est loin d'être partout le cas.