Ancien élève de l’École normale supérieure de Saint-Cloud, agrégé d'anglais et professeur de chaire supérieure en classes préparatoires scientifiques et littéraires, Jean Duchesne est l'exécuteur littéraire du cardinal Jean-Marie Lustiger, dont il fut un proche collaborateur, ainsi que du théologien Louis Bouyer. Membre de l'Observatoire Foi et Culture de la Conférence des évêques de France, Jean Duchesne est l'un des cofondateurs de l'édition française de la revue Communio lancée par Hans Urs von Balthasar, Henri de Lubac et Joseph Ratzinger.