Les premières églises dérivaient directement des basiliques civiles romaines, avec un plan rectangulaire très simple. Mais dès le Ve siècle, on trouve des églises en forme de croix grecque. Le transept a alors la même taille que la nef qu'il croise.
La symbolique de la croix étant très forte, cette forme s'est imposée dans l'art de construire les bâtiments religieux. L'église en forme de croix s'allonge, et devient croix latine, avec un transept plus court que la nef. C'est d'ailleurs un plan fréquent dans les églises occidentales, qui n'est pas propre à un style architectural particulier. On la retrouve dans des édifices d'époques différentes. Transept provient du latin signifiant "partie au-delà de la clôture", mais le mot français est récent, repris au XIXe du même terme anglais.
Les extrémités du transept sont appelées bras de transept ou croisillons. Lorsque l'église est orientée (dirigée vers l'orient), on distingue le bras nord et le bras sud. Au croisement de la nef et du transept se trouve la croisée du transept, située à l'avant du chœur. Il s'agit donc de la partie commune à la nef et au transept. Dans certaines régions, la croisée du transept peut être surmontée d'une tour clocher ou d'une coupole.
Le transept présente l'avantage d'augmenter la capacité d'accueil des fidèles, en particulier à proximité du chœur. L'intérêt est aussi technique, puisque le transept renforce la solidité de l'édifice en agissant comme deux larges arcs-boutants. Il permet aussi d'apporter de la lumière, par la démultiplication des surfaces de murs, et donc la possibilité de créer des fenêtres supplémentaires.
Quelques vastes églises, qui restent rares, disposent de plusieurs transepts. La cathédrale de Salisbury, en Grande-Bretagne, en est un bel exemple. Les deux transepts sont de longueurs différentes et agrandissent considérablement l'espace intérieur.
Toutes les églises n'ont pas de transept, sans qu'une règle particulière puisse être établie : de petites églises en possèdent un, de grandes en sont dépourvues. Mais le transept est devenu tellement caractéristique de nos églises que son absence dans de vastes édifices peut surprendre. C'est le cas de la cathédrale de Bourges, qui comporte cinq nefs, ce qui, avec 41 mètres de façade, en fait la plus large des cathédrales française. Elle est conçue sans transept, ce qui est exceptionnel pour une cathédrale gothique en France.