Construite au IVe siècle, la basilique actuelle de Saint-Chrysogone a été entièrement reconstruite au XVIIe siècle. Elle est dédiée, comme son nom l'indique, à l'évêque martyr d'Aquilée mort décapité sous le règne de Dioclétien en raison de sa foi.
En 1847, le pape Pie IX confie la basilique à l'Ordre des Trinitaires qui continue de l'entretenir aujourd'hui. Fondé au XIIe siècle, cet Ordre avait pour but de libérer les chrétiens captifs des Maures. On estime qu'ils ont libéré environ 900.000 esclaves au cours de l'histoire. Cet édifice fut pendant longtemps l'église nationale des Corses à Rome. Ils étaient nombreux à vivre dans le quartier romain du Trastevere.
La bienheureuse Anna Maria Taïgi (1769-1837), une tertiaire trinitaire, repose dans la basilique. Mère de sept enfants et épouse exemplaire, elle est connue pour avoir reçu des grâces mystiques : extases, visions... On venait de loin la consulter et elle devint, au fil du temps, une véritable conseillère des grands de ce monde en raison de ses stupéfiantes prédictions sur la marche du monde et la fin des temps.
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