« L’originalité du père de Naurois est d’avoir pu concilier, dans son état sacerdotal, quatre formes de résistance habituellement identifiées par les historiens de la Seconde Guerre mondiale : une résistance spirituelle (conférences sur le nazisme et sur l’antisémitisme), politique (action dans le mouvement Combat de son ami Henri Frenay), civile (opérations de sauvetages des Juifs exposés aux déportations) et militaire, en tant qu’aumônier des ‘commandos Kieffer’ »,
souligne à son sujet l’historien Jean Chaunu. Engagé dans les Forces françaises libres en avril 1943, il obtient d’être affecté aux Commandos pour les opérations de débarquement. En qualité d’aumônier du 1er Bataillon de fusiliers marins commandos, il fait partie, avec 176 camarades, des seuls Français qui débarquent en Normandie, le 6 juin 1944. Pendant le débarquement il remplace volontairement le médecin tué dès les premières heures du combat et se dépense sans compter pour soigner les blessés. Ce seul 6 juin 1944, l'unité du père de Naurois, qui réussit à prendre son objectif, le casino de à Ouistreham, comptera 40% de pertes.