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Sur les traces de saint François Xavier, les pères Jésuites et les frères franciscains avaient profondément enraciné le christianisme dans le sol japonais. Ecoles, paroisses, hospices et léproseries témoignaient de la vigueur de cette jeune Eglise. Mais, à cette date, le Japon est en proie à des bouleversements politiques importants. Le shogun Taïcosama cherche à unifier le pays en limitant l'influence des daïmios locaux. Il veut aussi limiter l'influence des étrangers au Japon. Or le christianisme est une importation étrangère : le shogun s'en prend donc aux chrétiens. En 1587, les missionnaires sont expulsés, le christianisme interdit. Celui-ci s'enfouit et devient clandestin. Dix ans plus tard la persécution reprend de plus belle. En février 1597, vingt-six chrétiens sont arrêtés : des jésuites, des franciscains, des laïcs tertiaires de saint François, des enfants de chœur...
Parmi eux, Paul Miki, premier jésuite japonais et prédicateur passionné. On les promène de ville en ville, pour l'exemple, pour dissuader ceux qui seraient tentés d'embrasser la religion interdite. Torturés, les martyrs continuent à prêcher et à chanter pendant leurs supplices avant de finir crucifiés sur une colline proche de Nagasaki, face à l'Occident, comme pour narguer cet horizon d'où venait le christianisme.