De nombreuses incertitudes entourent la biographie de ce pape du VIIe siècle : né vers 611 en Calabre ou en Sicile, le futur Léon II étudie à la Scola Cantorum de Rome, et restera toute sa vie, aussi en tant que pape régnant, un chantre aguerri. Cet érudit maîtrisant parfaitement le grec et le latin a déjà environ 70 ans lorsqu’il est élu en 681 à la papauté comme successeur du pape Agathon, un moine grec de Sicile auquel certaines sources attribuent une longévité hors du commun, puisqu’il serait mort à 103 ou 104 ans. Dans un contexte de domination houleuse de l’Empire romain d’Orient sur une grande partie de l'Italie, l’élection de Léon II, néanmoins, met 18 mois avant de recevoir la validation de l’empereur Constantin IV.
Cet empereur byzantin a convoqué en 680-681 le troisième Concile de Constantinople, afin de contrer le monothélisme : ce courant de pensée du christianisme, élaboré en réponse aux invasions perses puis arabes, théorisait la volonté du Christ comme relevant d’une seule volonté divino-humaine. Après de nombreux conflits parfois violents, qui conduisirent notamment au renversement et à la mort du pape Martin Ier en exil en Crimée en 655, le débat autour de cette question théologique aboutit en 681 à la proclamation d’un nouveau dogme définissant le Christ comme étant doté de deux volontés, non pas opposées l'une à l'autre, mais avec une volonté humaine subordonnée à la volonté divine.
Condamnation du monothélisme
Après de longs mois de tension entre Rome et Constantinople, ce compromis théologique est finalement considéré comme satisfaisant par Léon II, qui accepte, à la demande de Constantin IV, de formuler une condamnation explicite du pape Honorius Ier, qui avait régné de 625 à 638 et avait défendu le monothélisme. Il s’agit donc d’un cas rare dans l’histoire de l’Église : le pape Honorius Ier, reconnu comme pleinement légitime dans la succession apostolique, a été considéré comme hérétique par son successeur indirect.
Cet accord permet alors à Léon II d’obtenir la confirmation de son élection par l’empereur et d'être formellement intronisé. Il s’éteindra peu après, le 3 juillet 683, après un court pontificat qui lui aura tout de même permis de renforcer l’assise politique de la papauté. Il obtient notamment une baisse des taxes dues par la Sicile et la Calabre à l’empereur, et une reconnaissance de la supériorité hiérarchique de l'évêque de Rome sur l’exarque de Ravenne, le magistrat délégué par l’empereur pour administrer l’Italie. Léon II fut un pape apprécié par le clergé de Rome et par la population, se montrant particulièrement attentif aux plus pauvres.
Reconnu comme saint par l'Église catholique, Léon II est fêté le 3 juillet dans le calendrier romain, mais sa mémoire liturgique est généralement éclipsée par celle de l'apôtre saint Thomas, fêté le même jour.
